Mikkelin hotellitarjonta on monipuolisimmillaan kaupungin keskustassa. Monet hotellit Mikkelissä kuuluvat suomalaismatkailijoiden hyvin tuntemiin ketjuihin. Ydinkeskustassa varmaa laatua etsiville on tarjolla esimerkiksi Original Sokos Hotel Vaakuna ja Scandic Mikkeli. Lapsiperheille, työmatkailijoille ja muille helppoa majoitusta sekä hyviä kulkuyhteyksiä etsiville keskusta on yksi parhaista majoitusalueista. Useimmista keskustan ketjuhotelleista saa hyvät peruspalvelut, kuten aamiaisen, ja esimerkiksi ravintolat sekä monet kulttuurikohteet ovat kävelymatkan päässä majoituspaikoista. Keskustan hotellit sijaitsevat myös lähellä rautatieasemaa.
Halvat hotellit Mikkelissä sijaitsevat pääosin ydinkeskustan ulkopuolella. Esimerkiksi Nuijamiehen ja Kirjalan kaupunginosista voi löytää halvalla guesthouse-tyylisen majatalon. Kävelymatkaa keskustan palveluiden äärelle on esimerkiksi Kirjalasta noin 20 minuuttia, mutta liikkuminen onnistuu kaupungissa myös julkisen liikenteen busseilla. Budjettiluokan majoituspaikoissa asiakkaille tarjotaan hyvin niukasti palveluita, mutta siistin ja yksinkertaisen yöpaikan niistä voi saada alkaen noin 60 euroa vuorokausihintaan. Kalevankankaan kaupunginosassa halvan hotellimajoituksen voi varata kahden tähden hotelli Uusikuusta.
Aktiivilomailijat ja luonnon rauhaan kaipaavat voivat napata edullisen majoituspaikan kaupungin ulkopuolelta, esimerkiksi maatilamatkailukohteista. Lasten kanssa matkustavien kannattaa pitää kesäisin mielessä esimerkiksi Visulahden mökkikylä vesipuistoalueineen. Visulahteen on Mikkelistä vain noin vartin automatka.
Mikäli etsit persoonallista ja laadukasta majoituspaikkaa kaupungin ulkopuolelta, majoitus Mikkelissä on mahdollista varata aidosta kartanosta. Kartanomajoituskohteita on Mikkelin seudulla useita. Esimerkiksi neljän tähden Tertin kartano Mikkelin lähituntumassa tarjoaa ainutlaatuisen hotellikokemuksen luonnon helmassa, historiallisessa rakennuksessa.