Hotellit Bilbaossa ovat keskittyneet ennen kaikkea kahdelle alueelle: kaupungin keskustaan, joka jakaantuu useampiin pieniin alueisiin, ja vanhaan kaupunkiin, Casco viejoon. Keskusta on hyvä alue kaikille niille, jotka haluavat vierailla lomansa aikana kaikissa Bilbaon tärkeimmissä nähtävyyksissä. Myös palvelu- ja viihdetarjonta ravintoloista kulttuurimenoihin on parhaimmillaan keskustassa. Hyviä kulkuyhteyksiä kaipaavat voivat majoittua keskustassa lähellä rautatieasemaa. Keskustan laidalla, Nervión-joen äärellä sijaitseva Guggenheim Museum Bilbao on kaupungin vierailluin kulttuurikohde. Esimerkiksi Silken Gran Hotel Domine Bilbao -hotelli majoittaa matkailijat tyylillä kaupungin parhaiden museoiden äärellä.
Jos haluat tutustua kaupungin juuriin, majoitus Bilbaossa kannattaa hankkia Casco viejon historialliselta alueelta. Kaupunginosassa on paljon pieniä hotelleja, jotka sopivat esimerkiksi pariskunnille. Bilbaon vanhassa kaupungissa on erinomainen ravintola- ja kahvilatarjonta, joten perinteisistä pintxo-suupaloista pääsee nautiskelemaan hotellien nurkilla. Alueen vetonauloihin kuuluu myös vehreä Etxebarria Parkea -puisto. Kauniit puitteet lomalle Bilbaon historiallisissa kortteleissa tarjoaa esimerkiksi edullinen Caravan Cinema -majatalo.
Keskustasta katsottuna toisella puolella Nervión-jokea sijaitseva Deuston alue palvelee muun muassa budjettimatkailijoita. Se sijaitsee lähellä keskustaa, mutta hinnat ovat ydinkeskustaa hieman edullisemmat. Kaupunginosassa sijaitsee Deuston yliopisto, joten alue on opiskelijoiden suosiossa. Laadukas ja kohtuuhintainen hotellivalinta Deustossa on esimerkiksi Hotel NH Bilbao Deusto.
