Monet suositut hotellit Kiotossa sijaitsevat kaupungin keskustassa, Kamo-gawa-joen äärellä. Keskustan alue on hyvä vaihtoehto kaupungissa ensimmäistä kertaa vieraileville ja kaikille aktiivisille lomailijoille, sillä keskustakortteleista on hyvät joukkoliikenneyhteydet muualle kaupunkiin. Alue on myös ostosmatkailijan valinta, sillä keskustakortteleissa on valtava valikoima kauppoja. Keskustassa on melko vähän nähtävyyksiä, mutta ravintola- ja baaritarjonta on alueella erinomainen. Hotellitarjonta on alueella kattava, ja majoituksen voi varata niin luksushotelleista kuin budjettiluokan majataloista. Kokeile esimerkiksi yksinkertaisen tyylikästä Kaede Guesthouse -majataloa tai upeaa design-hotelli Aoi Hotel Kyotoa.
Mikäli haluat viettää lomasi japanilaiskaupungin nähtävyyksiin tutustuen, majoitus Kiotossa kannattaa etsiä Higashiyaman kaupunginosasta, etenkin sen eteläisistä osista. Alueella voi nauttia upeista vuoristomaisemista, ja Gionin alueella pääset tutustumaan japanilaiseen geishakulttuuriin. Vieraile myös Sanjusangen-do-temppelissä ja Kioton kansallismuseossa (Kyoto National Museum). Alueella on paljon budjettiluokan majapaikkoja. Yövy esimerkiksi perinteistä japanilaista tyyliä noudattavassa Guesthouse Rinn Tofukuji Riverside -majatalossa.
Kioton Station -juna-aseman tuntumassa sijaitsevat hotellit ja hostellit sopivat reppureissaajille ja niille matkailijoille, jotka aikovat reissata Japanissa Kiotoa laajemmin. Asemalta on hyvät yhteydet eri puolilla Japania. Lähellä rautatieasemaa sijaitsevien majoituspaikkojen hintataso on kohtuullinen. Yövy mukavasti monipuolisessa ja melko edullisessa Daiwa Royal Hotel Grandessa. Mielenkiintoinen vierailukohde aseman tuntumassa on Kyoto Railway Museum -junamuseo.