Hotellit Funchalissa jakautuvat kaupungin keskustaan ja sen ulkopuolella sijaitsevalle Lidon alueelle. Paras alue majoittua Funchalissa riippuu siitä, kumman alueen piirteet sopivat paremmin omiin lomatoiveisiisi. Lähellä keskustaa majoittuessa kaupungin nähtävyydet, kuten Funchalin katedraali, vanha kaupunki ostosmahdollisuuksineen ja Teleferico do Funchal -kaapelihissi, sijaitsevat kävelyetäisyydellä. Keskustassa myös palvelut ja bussiyhteydet muualle Madeiran saarelle ovat kätevästi kävelymatkan päässä.
Hotellit keskustan alueella soveltuvat erinomaisesti matkailijoille, jotka haluavat viettää kaupunkiloman. Keskustassa on kaupungin laajin valikoima ravintoloita, kahviloita ja baareja matkailijoille, jotka ovat kiinnostuneet paikallisesta gastronomiasta. Jos etsit halpaa majoitusta, keskustasta löytyy reppumatkailijoiden tarpeisiin soveltuvia majoituspaikkoja, kuten vanhassa kaupungissa sijaitseva Santa Maria Hostel. Sen kahden hengen standard-huoneiden hinnat alkavat noin 37 eurosta.
Lidon alueen hotellit Funchalissa sijaitsevat noin 1,5–4,5 kilometrin päässä kaupungin keskustasta. Hotellit Lidon alueella sijaitsevat lähellä kauniita merenrantareittejä, ja alueen kauppa- ja ravintolatarjonta on suunnattu pitkälti matkailijoiden tarpeisiin. Matkan keskustaan voi taittaa taksilla tai julkisen liikenteen bussilla noin 5–20 minuutissa, hotellin sijainnista riippuen.
Alueen hotelleissa on usein uima-allas ja laajat auringonottoalueet. Lidon alueella sijaitsevat samannimiset maauimalan tapaan toimivat merivesialtaat. On hyvä huomioida, että Funchalissa ei ole uimarantoja kallioisen rannikkomaiseman takia. Joissakin lähellä rantaa sijaitsevissa hotelleissa on laituri, jonka kautta asiakkaat voivat päästä mereen uimaan.
Lidon alueen hotellit sopivat kattavien palveluiden ja tilavien perhehuoneiden ansiosta hyvin lasten kanssa matkustaville. Ensiluokkainen Pestana Carlton Madeira Ocean Resort Hotel soveltuu laatutietoisille matkailijoille ja lapsiperheille laajoine yleisine tiloineen, uima-altaineen ja palveluineen. Hotelli sijaitsee noin 1,5 kilometrin päässä Funchalin keskustasta, ja kahden hengen standard-huoneen hinta alkaa noin 98 eurosta yötä kohden.